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b9d5fd3aa7
320
startCode.cpp
320
startCode.cpp
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@ -28,28 +28,28 @@ using namespace DGtal;
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struct hueFct{
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||||
inline
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||||
unsigned int operator() (unsigned int aVal) const
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{
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||||
HueShadeColorMap<unsigned int> hueShade(0,255);
|
||||
Color col = hueShade((unsigned int)aVal);
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||||
return (((unsigned int) col.red()) << 16)| (((unsigned int) col.green()) << 8)|((unsigned int) col.blue());
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||||
}
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||||
inline
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||||
unsigned int operator() (unsigned int aVal) const
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||||
{
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||||
HueShadeColorMap<unsigned int> hueShade(0,255);
|
||||
Color col = hueShade((unsigned int)aVal);
|
||||
return (((unsigned int) col.red()) << 16)| (((unsigned int) col.green()) << 8)|((unsigned int) col.blue());
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||||
}
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};
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||||
// Définition du type de viewer à utiliser.
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||||
// Définition du type de viewer à utiliser.
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typedef Viewer3D<> ViewerType ;
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||||
// Définition du type de conteneur à utiliser pour l'image du premier exercice.
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||||
// Définition du type de conteneur à utiliser pour l'image du premier exercice.
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typedef ImageContainerBySTLVector<Z3i::Domain, float> Image3D;
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// Définition du type de conteneur à utiliser pour l'image de la transformée en distance.
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||||
// Définition du type de conteneur à utiliser pour l'image de la transformée en distance.
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||||
typedef ImageSelector<Z3i::Domain, unsigned char>::Type Image;
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||||
// Parcours et traitement d'un volume.
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||||
// Parcours et traitement d'un volume.
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void imageSandbox(ViewerType& viewer, std::string filename);
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||||
// Tranformée en distance.
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void transformeeEnDistance(ViewerType& viewer, std::string filename);
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||||
// Méthode pour générer des voxels de manière aléatoire.
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||||
// Méthode pour générer des voxels de manière aléatoire.
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template<typename Image>
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||||
void randomSeeds(Image &image, const unsigned int nb, const int value);
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||||
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@ -57,195 +57,195 @@ void randomSeeds(Image &image, const unsigned int nb, const int value);
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int main( int argc, char** argv )
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{
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QApplication application(argc,argv);
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ViewerType viewer;
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// Appel aux méthodes des exercices.
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if (argc > 2)
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{
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std::stringstream ssAlgo;
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ssAlgo << std::string(argv[1]);
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QApplication application(argc,argv);
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ViewerType viewer;
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std::stringstream ssFile;
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||||
ssFile << std::string(argv[2]);
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||||
if (ssAlgo.str() == "Sandbox")
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||||
imageSandbox(viewer, ssFile.str());
|
||||
else if (ssAlgo.str() == "DT")
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||||
transformeeEnDistance(viewer, ssFile.str());
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||||
}
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||||
else
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||||
{
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||||
std::cout << "Les paramètres n'a pas été fourni." << std::endl;
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||||
std::cout << "startCode <paramètre = {Sandbox | DT}> <nom du fichier>" << std::endl;
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return 0;
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||||
}
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||||
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||||
return application.exec();
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||||
// Appel aux méthodes des exercices.
|
||||
if (argc > 2)
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||||
{
|
||||
std::stringstream ssAlgo;
|
||||
ssAlgo << std::string(argv[1]);
|
||||
|
||||
std::stringstream ssFile;
|
||||
ssFile << std::string(argv[2]);
|
||||
if (ssAlgo.str() == "Sandbox")
|
||||
imageSandbox(viewer, ssFile.str());
|
||||
else if (ssAlgo.str() == "DT")
|
||||
transformeeEnDistance(viewer, ssFile.str());
|
||||
}
|
||||
else
|
||||
{
|
||||
std::cout << "Les paramètres n'a pas été fourni." << std::endl;
|
||||
std::cout << "startCode <paramètre = {Sandbox | DT}> <nom du fichier>" << std::endl;
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||||
return 0;
|
||||
}
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||||
|
||||
return application.exec();
|
||||
}
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||||
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||||
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/**
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||||
* Cette fonction vous permettra de commencer à pratiquer avec le chargement d'objets
|
||||
* volumiques. Les parcourir, retrouver les valeurs affectées à chaque voxel et les
|
||||
* les modifier.
|
||||
* Cette fonction vous permettra de commencer à pratiquer avec le chargement d'objets
|
||||
* volumiques. Les parcourir, retrouver les valeurs affectées à chaque voxel et les
|
||||
* les modifier.
|
||||
* \param Visualisateur à utiliser.
|
||||
* \param Nom du fichier.
|
||||
*
|
||||
*/
|
||||
void imageSandbox(ViewerType& viewer, std::string filename)
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||||
{
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||||
// Lance le visusalisateur.
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||||
viewer.show();
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||||
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||||
//Chargement d'une image dans une structure de données ImageContainerBySTLVector.
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||||
std::string inputFilename = examplesPath + "/" + filename;
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||||
Image3D image = GenericReader<Image3D>::import(inputFilename);
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||||
// Lance le visusalisateur.
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||||
viewer.show();
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||||
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||||
// Obtention du domaine (taille) de l'image chargée.
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||||
Z3i::Domain initialDomain = image.domain();
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||||
//Chargement d'une image dans une structure de données ImageContainerBySTLVector.
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||||
std::string inputFilename = examplesPath + "/" + filename;
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||||
Image3D image = GenericReader<Image3D>::import(inputFilename);
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||||
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||||
// Définition du gradient des couleurs.
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||||
GradientColorMap<long> gradient( 0,30);
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||||
gradient.addColor(Color::Red);
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||||
gradient.addColor(Color::Yellow);
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||||
gradient.addColor(Color::Green);
|
||||
gradient.addColor(Color::Cyan);
|
||||
gradient.addColor(Color::Blue);
|
||||
gradient.addColor(Color::Magenta);
|
||||
gradient.addColor(Color::Red);
|
||||
// Obtention du domaine (taille) de l'image chargée.
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||||
Z3i::Domain initialDomain = image.domain();
|
||||
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||||
float min = 0.0;
|
||||
float max = 0.0;
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||||
// Définition du gradient des couleurs.
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||||
GradientColorMap<long> gradient( 0,30);
|
||||
gradient.addColor(Color::Red);
|
||||
gradient.addColor(Color::Yellow);
|
||||
gradient.addColor(Color::Green);
|
||||
gradient.addColor(Color::Cyan);
|
||||
gradient.addColor(Color::Blue);
|
||||
gradient.addColor(Color::Magenta);
|
||||
gradient.addColor(Color::Red);
|
||||
|
||||
for(Z3i::Domain::ConstIterator it= image.domain().begin(),
|
||||
itend = image.domain().end(); it != itend; ++it)
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||||
{
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||||
if (image(*it) > 0)
|
||||
viewer << *it;
|
||||
}
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||||
float min = 0.0;
|
||||
float max = 0.0;
|
||||
|
||||
for(Z3i::Domain::ConstIterator it= image.domain().begin(),
|
||||
itend = image.domain().end(); it != itend; ++it)
|
||||
{
|
||||
if (image(*it) > 0)
|
||||
viewer << *it;
|
||||
}
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||||
|
||||
viewer << SetMode3D(image.className(), "BoundingBox");
|
||||
viewer << ViewerType::updateDisplay;
|
||||
|
||||
viewer << SetMode3D(image.className(), "BoundingBox");
|
||||
viewer << ViewerType::updateDisplay;
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
/**
|
||||
* Fonction de la transformée en distance à partir de quelques points germes.
|
||||
* La distance est calculée à partir de chaque point. Donc, la distance dans un
|
||||
* voxel est la distance minimale à tous les points germes.
|
||||
* \param le visualisateur à utiliser.
|
||||
* La distance est calculée à partir de chaque point. Donc, la distance dans un
|
||||
* voxel est la distance minimale à tous les points germes.
|
||||
* \param le visualisateur à utiliser.
|
||||
* \param Nom du fichier.
|
||||
*
|
||||
*/
|
||||
void transformeeEnDistance(ViewerType& viewer, std::string filename)
|
||||
{
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||||
// Affichage de la visualisation.
|
||||
viewer.show();
|
||||
// Nombre du fichier à charger.
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||||
std::string inputFilename = examplesPath + "/" + filename;
|
||||
// Affichage de la visualisation.
|
||||
viewer.show();
|
||||
// Nombre du fichier à charger.
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||||
std::string inputFilename = examplesPath + "/" + filename;
|
||||
|
||||
// Création du type d'image.
|
||||
//Default image selector = STLVector
|
||||
typedef ImageSelector<Z3i::Domain, unsigned char>::Type Image;
|
||||
// Création du type d'image.
|
||||
//Default image selector = STLVector
|
||||
typedef ImageSelector<Z3i::Domain, unsigned char>::Type Image;
|
||||
|
||||
//Chargement du fichier image dans la structure.
|
||||
Image image = VolReader<Image>::importVol( inputFilename );
|
||||
// Obtention du domaine (taille) de l'image.
|
||||
Z3i::Domain domain = image.domain();
|
||||
//Chargement du fichier image dans la structure.
|
||||
Image image = VolReader<Image>::importVol( inputFilename );
|
||||
// Obtention du domaine (taille) de l'image.
|
||||
Z3i::Domain domain = image.domain();
|
||||
|
||||
Image imageSeeds ( domain);
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||||
for ( Image::Iterator it = imageSeeds.begin(), itend = imageSeeds.end();it != itend; ++it)
|
||||
(*it)=1;
|
||||
//imageSeeds.setValue(p0, 0 );
|
||||
randomSeeds(imageSeeds, 70, 0);
|
||||
|
||||
Image imageSeeds ( domain);
|
||||
for ( Image::Iterator it = imageSeeds.begin(), itend = imageSeeds.end();it != itend; ++it)
|
||||
(*it)=1;
|
||||
//imageSeeds.setValue(p0, 0 );
|
||||
randomSeeds(imageSeeds, 70, 0);
|
||||
|
||||
typedef functors::SimpleThresholdForegroundPredicate<Image> Predicate;
|
||||
Predicate aPredicate(imageSeeds,0);
|
||||
|
||||
// Création de type et de l'objet pour appliquer la transformée.
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||||
typedef DistanceTransformation<Z3i::Space,Predicate, Z3i::L2Metric> DTL2;
|
||||
DTL2 dtL2(&domain, &aPredicate, &Z3i::l2Metric);
|
||||
|
||||
// Detection des distances minimales et maximales.
|
||||
unsigned int min = 0;
|
||||
unsigned int max = 0;
|
||||
for(DTL2::ConstRange::ConstIterator it = dtL2.constRange().begin(),
|
||||
itend=dtL2.constRange().end();
|
||||
it!=itend;
|
||||
++it)
|
||||
{
|
||||
if( (*it) < min )
|
||||
min=(*it);
|
||||
if( (*it) > max )
|
||||
max=(*it);
|
||||
}
|
||||
|
||||
//Spécification des gradients de couleur pour la visualisation.
|
||||
GradientColorMap<long> gradient( 0,30);
|
||||
gradient.addColor(Color::Red);
|
||||
gradient.addColor(Color::Yellow);
|
||||
gradient.addColor(Color::Green);
|
||||
gradient.addColor(Color::Cyan);
|
||||
gradient.addColor(Color::Blue);
|
||||
gradient.addColor(Color::Magenta);
|
||||
gradient.addColor(Color::Red);
|
||||
typedef functors::SimpleThresholdForegroundPredicate<Image> Predicate;
|
||||
Predicate aPredicate(imageSeeds,0);
|
||||
|
||||
// Affectation du mode de visualisation 3D.
|
||||
viewer << SetMode3D( (*(domain.begin())).className(), "Paving" );
|
||||
// Création de type et de l'objet pour appliquer la transformée.
|
||||
typedef DistanceTransformation<Z3i::Space,Predicate, Z3i::L2Metric> DTL2;
|
||||
DTL2 dtL2(&domain, &aPredicate, &Z3i::l2Metric);
|
||||
|
||||
// Parcours de tous les voxels de l'image avec un iterateur sur le domaine.
|
||||
for(Z3i::Domain::ConstIterator it = domain.begin(), itend=domain.end();
|
||||
it!=itend;
|
||||
++it)
|
||||
{
|
||||
// Detection des distances minimales et maximales.
|
||||
unsigned int min = 0;
|
||||
unsigned int max = 0;
|
||||
for(DTL2::ConstRange::ConstIterator it = dtL2.constRange().begin(),
|
||||
itend=dtL2.constRange().end();
|
||||
it!=itend;
|
||||
++it)
|
||||
{
|
||||
if( (*it) < min )
|
||||
min=(*it);
|
||||
if( (*it) > max )
|
||||
max=(*it);
|
||||
}
|
||||
|
||||
// Calcul de la transformée en distance pour le voxel courant.
|
||||
double valDist= dtL2( (*it) );
|
||||
//Spécification des gradients de couleur pour la visualisation.
|
||||
GradientColorMap<long> gradient( 0,30);
|
||||
gradient.addColor(Color::Red);
|
||||
gradient.addColor(Color::Yellow);
|
||||
gradient.addColor(Color::Green);
|
||||
gradient.addColor(Color::Cyan);
|
||||
gradient.addColor(Color::Blue);
|
||||
gradient.addColor(Color::Magenta);
|
||||
gradient.addColor(Color::Red);
|
||||
|
||||
// Calcul du gradient de couleur pour cette distance.
|
||||
Color c= gradient(valDist);
|
||||
viewer << CustomColors3D(Color((float)(c.red()),
|
||||
(float)(c.green()),
|
||||
(float)(c.blue(),205)),
|
||||
Color((float)(c.red()),
|
||||
(float)(c.green()),
|
||||
(float)(c.blue()),205));
|
||||
// Le viewer reçoit le prochain voxel pour visualisation.
|
||||
if (image(*it) > 0)
|
||||
viewer << *it ;
|
||||
}
|
||||
|
||||
//viewer << ClippingPlane(0,1,0, -40) << Viewer3D<>::updateDisplay;
|
||||
// Mise à jour du visualisateur après le parcours de tous le voxels.
|
||||
viewer<< Viewer3D<>::updateDisplay;
|
||||
// Affectation du mode de visualisation 3D.
|
||||
viewer << SetMode3D( (*(domain.begin())).className(), "Paving" );
|
||||
|
||||
// Parcours de tous les voxels de l'image avec un iterateur sur le domaine.
|
||||
for(Z3i::Domain::ConstIterator it = domain.begin(), itend=domain.end();
|
||||
it!=itend;
|
||||
++it)
|
||||
{
|
||||
|
||||
// Calcul de la transformée en distance pour le voxel courant.
|
||||
double valDist= dtL2( (*it) );
|
||||
|
||||
// Calcul du gradient de couleur pour cette distance.
|
||||
Color c= gradient(valDist);
|
||||
viewer << CustomColors3D(Color((float)(c.red()),
|
||||
(float)(c.green()),
|
||||
(float)(c.blue(),205)),
|
||||
Color((float)(c.red()),
|
||||
(float)(c.green()),
|
||||
(float)(c.blue()),205));
|
||||
// Le viewer reçoit le prochain voxel pour visualisation.
|
||||
if (image(*it) > 0)
|
||||
viewer << *it ;
|
||||
}
|
||||
|
||||
//viewer << ClippingPlane(0,1,0, -40) << Viewer3D<>::updateDisplay;
|
||||
// Mise à jour du visualisateur après le parcours de tous le voxels.
|
||||
viewer<< Viewer3D<>::updateDisplay;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
/**
|
||||
* Cette fonction genère un ensemble de points afin de les placer
|
||||
* dans le volume comme les germes de la transformée en distance.
|
||||
* Cette fonction genère un ensemble de points afin de les placer
|
||||
* dans le volume comme les germes de la transformée en distance.
|
||||
* \param image.
|
||||
* \param nombre de germes.
|
||||
* \param value à affecter comme seuil.
|
||||
* \param value à affecter comme seuil.
|
||||
*
|
||||
*/
|
||||
*/
|
||||
template<typename Image>
|
||||
void randomSeeds(Image &image, const unsigned int nb, const int value)
|
||||
{
|
||||
typename Image::Point p, low = image.domain().lowerBound();
|
||||
typename Image::Vector ext;
|
||||
srand ( time(NULL) );
|
||||
|
||||
ext = image.extent();
|
||||
|
||||
for (unsigned int k = 0 ; k < nb; k++)
|
||||
{
|
||||
for (unsigned int dim = 0; dim < Image::dimension; dim++)
|
||||
p[dim] = rand() % (ext[dim]) + low[dim];
|
||||
|
||||
image.setValue(p, value);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
void randomSeeds(Image &image, const unsigned int nb, const int value)
|
||||
{
|
||||
typename Image::Point p, low = image.domain().lowerBound();
|
||||
typename Image::Vector ext;
|
||||
srand ( time(NULL) );
|
||||
|
||||
ext = image.extent();
|
||||
|
||||
for (unsigned int k = 0 ; k < nb; k++)
|
||||
{
|
||||
for (unsigned int dim = 0; dim < Image::dimension; dim++)
|
||||
p[dim] = rand() % (ext[dim]) + low[dim];
|
||||
|
||||
image.setValue(p, value);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
// //
|
||||
///////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
|
||||
|
|
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